Mezi nejčastější typy nežádoucích usazenin na povrchu kontaktních čoček patří proteinová depozita (bílkoviy) a lipidová depozita (tuky). Jejich hlavním zdrojem jsou oční sekrece a nečistoty z vnějšího okolí. Zda dojde k usazení depozit záleží na kvalitě povrchu kontaktní čočky a na úrovni následné péče. Proteinová depozita vznikají denaturací bílkovin obsažených v slzném filmu. Bílkoviny se během nošení volně váží k povrchu čočky. Tyto vazby bývají silnější především u ionogenních materiálů (obsahují elektricky nabité částice). Při nedokonalém čištění dochází k jejich denaturací, neboli rozkladu a z volné vazby se stává vazba nevratná. Neionogenní a hladký charakter povrchu čoček je základním předpokladem zamezení vzniku proteinových usazenin (jak je tomu například u kontaktních čoček Biofinity). Silikon-hydrogelové kontaktní čočky jsou náchylnější k usazování lipidových depozit. Je to dáno hydrofobním charakterem silikonu. Pokud vznikají na povrchu čoček nesmáčivé ostrůvky, lipidová depozita se na ně velmi snadno navážou.
